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Contrat Natura 2000

Mis à jour le 21 mai 2026

Natura 2000 a pour objectif de favoriser le maintien de la biodiversité par une action ciblée sur les espèces animales et végétales ainsi que les milieux (habitats naturels) d’intérêt communautaire au sens des Directives « Habitats, Faune, Flore » et « Oiseaux ». La démarche Natura 2000 repose sur l’implication des acteurs locaux, notamment les collectivités, les agriculteurs et les forestiers pour intégrer la biodiversité dans les plans, les projets et la gestion quotidienne.

Ces actions peuvent prendre la forme d’un Contrat Natura 2000. Le Contrat Natura 2000 comporte un ensemble d’engagements conformes aux orientations définies par le Document d’Objectif (DOCOB) sur la conservation ou la restauration des habitats naturels et/ou des espèces qui ont justifié la désignation du site Natura 2000.

Les personnes :

  • physiques ou morales ;
  • publiques ou privées ;

qui disposent :

  • de droits réels ou personnels sur les espaces sur lesquels s’appliquent les opérations ;
  • ou d’un mandat les qualifiant juridiquement pour intervenir sur ces espaces.
     

Conditions spécifiques : vocation non agricole des actions mises en place par les personnes pratiquant une activité agricole : 

Les personnes physiques ou morales pratiquant une activité agricole au sens de l’article L.311-1 du Code rural ne peuvent signer un contrat Natura 2000 sur des surfaces déclarées à la PAC que pour les actions à vocation non agricole suivantes (actions précisées dans le paragraphe sur les dépenses éligibles) :

  • Opérations innovantes en faveur d’espèces ou d’habitats d’intérêt communautaire (N27Pi – cf. Annexe) ;
  • Aménagements artificiels en faveur d’espèces d’intérêt communautaire justifiant la désignation du site (N23Pi – Cf. Annexe) ;
  • Contrats forestiers.

Pour chaque action contractuelle se référer à la circulaire du 27 AVRIL 2012 relative à la gestion contractuelle des sites Natura 2000 majoritairement terrestres en application des articles R414-8 à 18 du Code de l’Environnement NOR : DEVL1131446C.

Il existe 2 types de contrats :

  • les contrats Natura 2000 forestiers
  • les contrats Natura 2000 non agricoles non forestiers


Les différentes phases à respecter :

→ Préalablement à toute autre démarche, le porteur de projet doit prendre contact avec l'animateur Natura 2000 du site concerné pour lui exposer son projet. En effet les animateurs Natura 2000 ont notamment pour mission la mise en œuvre de la contractualisation qui consiste :

  • Au recensement et contact des signataires potentiels ;
  • A l’assistance technique et administrative des signataires ;
  • Aux suivis, synthèses

En ce sens les bénéficiaires co-construisent les contrats Natura 2000 avec les animateurs Natura 2000.

→ Par la suite, il doit renseigner une fiche projet type, fournie par l’animateur Natura 2000, en exposant notamment le contexte, la nature de l’opération et le coût associé, le calendrier de l’opération et les objectifs attendus en termes de conservation ainsi que le cahier des charges ;

La demande d’aide doit porter sur un coût total éligible maximum de 20 000€ pour les contrats Natura 2000 Bois sénescents et 40 000 € pour les autres contrats.

Aucun mécanisme d'avance n'étant prévu, il appartient au porteur de projet de s'assurer de sa capacité à engager les travaux dans l'attente soit d'un acompte (lorsqu'une partie des travaux lui est facturée) soit le solde de la subvention. Les coûts éligibles seront retenus en € HT pour les structures assujetties à la TVA, en € TTC pour les non- assujetties.

Le taux de financement est le suivant :

  • 80% pour un porteur de projet public ;
  • 100% pour un porteur de projet privé ;


La Région se réserve la possibilité de dépasser le plafond de 8 000 € dans le cadre de projets identifiés comme prioritaires pour des enjeux de préservation de la biodiversité.

Localisation du projet

Les projets éligibles sont :

  • Situés sur un site pour lequel la Région Provence-Alpes Côte d’Azur est désignée comme autorité de gestion du site en question ;
  • Situés dans le périmètre d’un site Natura 2000 terrestre ou mixte :
    • déjà désigné ;
    • ou proposé à désignation.

Le bénéficiaire s’engage à donner accès aux parcelles ou bâtiment concernés par le contrat à la Région, aux animateurs Natura2000 et à toute structure qui viendrait à exercer cette compétence. Cet engagement doit permettre de réaliser les suivis nécessaires pour s’assurer de l’atteinte des objectifs.

Toute visite sur site sera conjointement définie entre le bénéficiaire et l’autorité de gestion ou son représentant.

En cas de non-respect de cette clause, il pourra être demandé une restitution des subventions perçues.

Actions éligibles
Le DOCOB du site liste les actions contractuelles pouvant être mises en œuvre via des contrats sur le site concerné. Seuls les contrats correspondants aux mesures prévues au DOCOB du site sont éligibles.
Les contrats possibles sont listés dans l’annexe technique.
 

Listes des dépenses éligibles
Les dépenses éligibles aux contrats Natura 2000 correspondent aux frais engagés par le bénéficiaire. Il peut s’agir des dépenses suivantes :

  • Prestations de service hors frais d’études et frais d’expert : Liées à l’action
    NB : les frais de notaire pour la réalisation d’actions de maintien de l’investissement (ORE, bail emphytéotique) sont éligibles à condition d’avoir un devis, à la condition qu’ils viennent en complément du contrat Natura 2000 objet du dossier de demande d’aide. 
  • Achats d'équipement et de fournitures : Liées à l’action
  • Frais de personnel (uniquement si travaux réalisés en régie) - à justifier : concernant uniquement les travaux réalisés en régie, supportés par le bénéficiaire, nécessaires à la réalisation de l'opération et  comportant un lien démontré avec celle-ci, permettant le calcul éventuel des coûts indirects (15%) et des frais professionnels (5%).
  • Frais professionnels associés (hébergement, restauration, déplacements) - à justifier : Sous la forme d’option de coûts simplifiés, valorisés à hauteur de 5% des frais de personnel éligibles.
  • Coûts indirects: Sur la base d’un forfait de 15% des frais de personnel directs éligibles.
  • Frais d’études et frais d’expert: Concernant uniquement le suivi du chantier et étude à la parcelle, sont plafonnées à 12 % du montant éligible du montant cumulé des autres postes.

Nota bene : Les contrats Natura 2000 concernent des investissements ; ils n’ont donc pas vocation à financer des frais de personnels en dehors des frais de personnels nécessaires à la réalisation des travaux quand ceux-ci sont réalisés en régie et non dans le cadre d’une prestation.

 

Les dépenses dans le cadre de contrats forestiers sont soumises aux barèmes en vigueur.
 

Listes des dépenses non éligibles
Les dépenses inéligibles aux contrats Natura 2000 sont les suivantes :

  • les dépenses réalisées pour le respect des législations communautaires, nationales et des réglementations en matière d’environnement et notamment les mises aux normes, de santé publique, de santé des animaux et des végétaux, de bien-être animal et de sécurité du travail ;
  • les diagnostics ou expertises préalables au dépôt d’une demande de contrat Natura 2000 ;
  • l’animation de la mise en œuvre du DOCOB et les actions de sensibilisation ou de communication globale sur le site (à distinguer de l'action N26Pi et F14i "Investissements visant à informer les usagers pour limiter leur impact);
  • L’obligation de publicité concernant le financement de l’opération ;
  • les dépenses liées à la mise en place de mesures compensatoires (loi sur l’eau, protection des espèces protégées, urbanisme, défrichement…) ;
  • l’achat de gros matériels tels que véhicules ou engins professionnels, les investissements de simple remplacement, le matériel d’occasion ;
  • l’achat d’animaux, la location d’animaux reproducteurs, ou l’achat de saillie ;
  • les acquisitions foncières ;
  • les impôts et frais financiers.
  • les dépenses liées aux stagiaires, apprentis ou le bénévolat ;
  • les suivis scientifiques ;
  • les ORE comme unique dépense ;

Particularités pour les contrats Natura 2000 Forestier
Les propriétaires ou gestionnaires des bois, forêts et terrains à boiser relevant du régime forestier ne peuvent prétendre à la signature d’un contrat Natura 2000 que si ces bois, forêts et terrains à boiser sont dotés d'un document de gestion satisfaisant aux exigences du Code forestier.
Les propriétaires forestiers dont les forêts doivent être dotées d'un plan simple de gestion au titre de l’article L.312-1 du Code forestier ne peuvent prétendre à la signature d’un contrat Natura 2000 que si un tel plan, agréé par le Centre régional de la propriété forestière, est en vigueur.

Pour tous :

  • Fiche projet contrat validée par la Région et la DREAL dans le cas des sites mixtes  ;
  • Cahier des charges relatif à l’action validé par la Région et la DREAL dans le cas des sites mixtes ; 
  • Cartographie et données SIG du projet ;
  • Devis relatifs aux prestations de services :
    • 1 devis pour les dépenses < 3 000 € HT ;
    • 2 devis comparables pour les dépenses > ou = à 3 000 € HT ;
  • Preuve que la parcelle n’est pas déclarée au Registre Parcellaire Graphique (RPG) ;
  • Preuve que le bénéficiaire peut réaliser le projet sur le site (acte de propriété ou autorisation du propriétaire, délégation, mandat, etc.) ;
  • Attestation de dépôt ou décision d’une demande d’autorisation/déclaration administrative (dossier loi sur l’eau…) le cas échéant ;
  • Indicateurs d’effort de restauration
  • Et tout autre document demandé sur la plateforme

Pour les collectivités territoriales : 

  • Délibération ou procès-verbal de l'organe compétent, approuvant l'opération et son plan de financement ou projet du document s’il ne peut être produit en amont du dépôt. Le document formel reste à fournir dès que possible ; 

Cas des contrats forestiers : 

  • Fiche projet spécifique bois sénescent comprenant notamment le tableau diagnostic  (coordonnées, diamètre, essence, indices de sénescence, indemnités, etc.)
  • Plan d’aménagement forestier ou Plan Simple de Gestion

Ressources à télécharger

Contact

Allo Région : 04.91.57.57.57.